Durante la madrugada del 20 de enero de 1942 chocó contra un arrecife de coral en Taka Bakang. Sus tripulantes intentaron sacarlo a flote durante más de 24 horas.
Finalmente no lo consiguieron y fueron rescatados por un buque holandés. El último hombre que abandonó el S-36 lo dejó todo preparado para hundirlo.